Table S1: Accuracy of the top motif from PosMotif1 on samples of type real from the Tompa data set Data set nTP nFP nFN nTN sTP sFP sFN nSn nPPV nSp nPC nCC sSn sPPV sPC dm01r 15 53 110 5822 1 3 5 0.1200 0.2206 0.9910 0.0843 0.1497 0.1667 0.2500 0.1111 dm02r 0 48 49 1903 0 3 5 0.0000 0.0000 0.9754 0.0000 -0.0249 0.0000 0.0000 0.0000 dm03r 0 60 104 5836 0 4 8 0.0000 0.0000 0.9898 0.0000 -0.0133 0.0000 0.0000 0.0000 dm04r 0 48 135 7817 0 4 9 0.0000 0.0000 0.9939 0.0000 -0.0102 0.0000 0.0000 0.0000 dm05r 0 32 160 7308 0 2 14 0.0000 0.0000 0.9956 0.0000 -0.0097 0.0000 0.0000 0.0000 dm06r 0 52 98 2850 0 4 7 0.0000 0.0000 0.9821 0.0000 -0.0244 0.0000 0.0000 0.0000 hm01r 0 154 236 35610 0 7 16 0.0000 0.0000 0.9957 0.0000 -0.0053 0.0000 0.0000 0.0000 hm02r 0 50 257 8693 0 2 11 0.0000 0.0000 0.9943 0.0000 -0.0128 0.0000 0.0000 0.0000 hm03r 0 87 408 14505 0 3 15 0.0000 0.0000 0.9940 0.0000 -0.0128 0.0000 0.0000 0.0000 hm04r 0 72 168 25760 0 4 11 0.0000 0.0000 0.9972 0.0000 -0.0042 0.0000 0.0000 0.0000 hm05r 0 28 193 2779 0 2 11 0.0000 0.0000 0.9900 0.0000 -0.0255 0.0000 0.0000 0.0000 hm06r 12 168 63 4257 1 9 8 0.1600 0.0667 0.9620 0.0494 0.0797 0.1111 0.1000 0.0556 hm07r 12 36 115 4837 1 3 5 0.0945 0.2500 0.9926 0.0736 0.1405 0.1667 0.2500 0.1111 hm08r 48 18 142 7292 7 3 5 0.2526 0.7273 0.9975 0.2308 0.4209 0.5833 0.7000 0.4667 hm09r 0 128 160 14712 0 8 10 0.0000 0.0000 0.9914 0.0000 -0.0096 0.0000 0.0000 0.0000 hm10r 6 60 83 2851 1 5 10 0.0674 0.0909 0.9794 0.0403 0.0541 0.0909 0.1667 0.0625 hm11r 13 65 256 7666 1 5 18 0.0483 0.1667 0.9916 0.0389 0.0732 0.0526 0.1667 0.0417 hm12r 1 35 69 895 0 1 5 0.0143 0.0278 0.9624 0.0095 -0.0320 0.0000 0.0000 0.0000 hm13r 8 67 156 5769 1 4 8 0.0488 0.1067 0.9885 0.0346 0.0547 0.1111 0.2000 0.0769 hm14r 0 36 82 1882 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9812 0.0000 -0.0280 0.0000 0.0000 0.0000 hm15r 0 50 90 7860 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9937 0.0000 -0.0085 0.0000 0.0000 0.0000 hm16r 0 150 164 20686 0 6 7 0.0000 0.0000 0.9928 0.0000 -0.0075 0.0000 0.0000 0.0000 hm17r 3 60 142 5295 0 3 10 0.0207 0.0476 0.9888 0.0146 0.0143 0.0000 0.0000 0.0000 hm18r 0 63 88 14849 0 3 6 0.0000 0.0000 0.9958 0.0000 -0.0050 0.0000 0.0000 0.0000 hm19r 0 32 87 2381 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9867 0.0000 -0.0216 0.0000 0.0000 0.0000 hm20r 0 132 1306 68562 0 12 74 0.0000 0.0000 0.9981 0.0000 -0.0060 0.0000 0.0000 0.0000 hm21r 33 45 60 4862 3 3 4 0.3548 0.4231 0.9908 0.2391 0.3769 0.4286 0.5000 0.3000 hm22r 0 51 106 2843 0 3 5 0.0000 0.0000 0.9824 0.0000 -0.0252 0.0000 0.0000 0.0000 hm23r 6 18 137 1839 0 3 4 0.0420 0.2500 0.9903 0.0373 0.0763 0.0000 0.0000 0.0000 hm24r 0 84 92 3824 0 9 8 0.0000 0.0000 0.9785 0.0000 -0.0225 0.0000 0.0000 0.0000 hm25r 1 35 69 895 0 1 5 0.0143 0.0278 0.9624 0.0095 -0.0320 0.0000 0.0000 0.0000 hm26r 16 48 231 8705 1 3 9 0.0648 0.2500 0.9945 0.0542 0.1153 0.1000 0.2500 0.0769 mus01r 0 64 85 1351 0 4 6 0.0000 0.0000 0.9548 0.0000 -0.0517 0.0000 0.0000 0.0000 mus02r 0 54 232 8714 0 3 12 0.0000 0.0000 0.9938 0.0000 -0.0126 0.0000 0.0000 0.0000 mus03r 0 45 142 2313 0 5 9 0.0000 0.0000 0.9809 0.0000 -0.0332 0.0000 0.0000 0.0000 mus04r 0 50 264 6686 0 5 13 0.0000 0.0000 0.9926 0.0000 -0.0168 0.0000 0.0000 0.0000 mus05r 0 48 88 1864 0 4 6 0.0000 0.0000 0.9749 0.0000 -0.0336 0.0000 0.0000 0.0000 mus06r 0 28 67 1405 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9805 0.0000 -0.0298 0.0000 0.0000 0.0000 mus07r 0 34 100 5866 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9942 0.0000 -0.0098 0.0000 0.0000 0.0000 mus08r 0 85 41 4374 0 2 3 0.0000 0.0000 0.9809 0.0000 -0.0133 0.0000 0.0000 0.0000 mus09r 0 22 41 937 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9771 0.0000 -0.0310 0.0000 0.0000 0.0000 mus10r 67 82 156 12695 7 10 6 0.3004 0.4497 0.9936 0.2197 0.3587 0.5385 0.4118 0.3043 mus11r 0 204 211 5585 0 17 14 0.0000 0.0000 0.9648 0.0000 -0.0358 0.0000 0.0000 0.0000 mus12r 14 58 131 1297 1 5 5 0.0966 0.1944 0.9572 0.0690 0.0743 0.1667 0.1667 0.0909 yst01r 0 77 122 8801 0 7 7 0.0000 0.0000 0.9913 0.0000 -0.0109 0.0000 0.0000 0.0000 yst02r 51 0 57 1892 3 0 2 0.4722 1.0000 1.0000 0.4722 0.6771 0.6000 1.0000 0.6000 yst03r 0 90 147 3763 0 5 18 0.0000 0.0000 0.9766 0.0000 -0.0296 0.0000 0.0000 0.0000 yst04r 18 34 113 6835 2 2 5 0.1374 0.3462 0.9951 0.1091 0.2090 0.2857 0.5000 0.2222 yst05r 40 2 32 1426 3 0 0 0.5556 0.9524 0.9986 0.5405 0.7181 1.0000 1.0000 1.0000 yst06r 0 26 160 3314 0 2 7 0.0000 0.0000 0.9922 0.0000 -0.0189 0.0000 0.0000 0.0000 yst08r 72 27 207 10694 7 3 6 0.2581 0.7273 0.9975 0.2353 0.4254 0.5385 0.7000 0.4375 yst09r 39 1 176 15784 5 0 8 0.1814 0.9750 0.9999 0.1806 0.4181 0.3846 1.0000 0.3846 Fly 15 293 656 31536 1 20 48 0.0224 0.0487 0.9908 0.0156 0.0193 0.0204 0.0476 0.0145 Human 159 1772 4960 280109 16 108 277 0.0311 0.0823 0.9937 0.0231 0.0401 0.0546 0.1290 0.0399 Mouse 81 774 1558 53087 8 61 84 0.0494 0.0947 0.9856 0.0336 0.0482 0.0870 0.1159 0.0523 Yeast 220 257 1014 52509 20 19 53 0.1783 0.4612 0.9951 0.1476 0.2769 0.2740 0.5128 0.2174 Total 475 3096 8188 417241 45 208 462 0.0548 0.1330 0.9926 0.0404 0.0735 0.0888 0.1779 0.0629