Table S2: Accuracy of the top motif from PosMotif2 on samples of type real from the Tompa data set Data set nTP nFP nFN nTN sTP sFP sFN nSn nPPV nSp nPC nCC sSn sPPV sPC dm01r 15 53 110 5822 1 3 5 0.1200 0.2206 0.9910 0.0843 0.1497 0.1667 0.2500 0.1111 dm02r 0 103 49 1848 0 6 5 0.0000 0.0000 0.9472 0.0000 -0.0369 0.0000 0.0000 0.0000 dm03r 0 60 104 5836 0 4 8 0.0000 0.0000 0.9898 0.0000 -0.0133 0.0000 0.0000 0.0000 dm04r 0 92 135 7773 0 6 9 0.0000 0.0000 0.9883 0.0000 -0.0141 0.0000 0.0000 0.0000 dm05r 0 32 160 7308 0 2 14 0.0000 0.0000 0.9956 0.0000 -0.0097 0.0000 0.0000 0.0000 dm06r 0 69 98 2833 0 5 7 0.0000 0.0000 0.9762 0.0000 -0.0282 0.0000 0.0000 0.0000 hm01r 0 241 236 35523 0 11 16 0.0000 0.0000 0.9933 0.0000 -0.0067 0.0000 0.0000 0.0000 hm02r 0 50 257 8693 0 2 11 0.0000 0.0000 0.9943 0.0000 -0.0128 0.0000 0.0000 0.0000 hm03r 0 87 408 14505 0 3 15 0.0000 0.0000 0.9940 0.0000 -0.0128 0.0000 0.0000 0.0000 hm04r 0 127 168 25705 0 6 11 0.0000 0.0000 0.9951 0.0000 -0.0057 0.0000 0.0000 0.0000 hm05r 0 32 193 2775 0 2 11 0.0000 0.0000 0.9886 0.0000 -0.0272 0.0000 0.0000 0.0000 hm06r 12 283 63 4142 1 15 8 0.1600 0.0407 0.9360 0.0335 0.0497 0.1111 0.0625 0.0417 hm07r 12 36 115 4837 1 3 5 0.0945 0.2500 0.9926 0.0736 0.1405 0.1667 0.2500 0.1111 hm08r 95 102 95 7208 11 14 1 0.5000 0.4822 0.9860 0.3253 0.4776 0.9167 0.4400 0.4231 hm09r 0 284 160 14556 0 16 10 0.0000 0.0000 0.9809 0.0000 -0.0144 0.0000 0.0000 0.0000 hm10r 6 60 83 2851 1 5 10 0.0674 0.0909 0.9794 0.0403 0.0541 0.0909 0.1667 0.0625 hm11r 13 65 256 7666 1 5 18 0.0483 0.1667 0.9916 0.0389 0.0732 0.0526 0.1667 0.0417 hm12r 1 39 69 891 0 1 5 0.0143 0.0250 0.9581 0.0092 -0.0360 0.0000 0.0000 0.0000 hm13r 9 100 155 5736 1 6 8 0.0549 0.0826 0.9829 0.0341 0.0461 0.1111 0.1429 0.0667 hm14r 0 36 82 1882 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9812 0.0000 -0.0280 0.0000 0.0000 0.0000 hm15r 0 50 90 7860 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9937 0.0000 -0.0085 0.0000 0.0000 0.0000 hm16r 0 150 164 20686 0 6 7 0.0000 0.0000 0.9928 0.0000 -0.0075 0.0000 0.0000 0.0000 hm17r 5 60 140 5295 0 3 10 0.0345 0.0769 0.9888 0.0244 0.0345 0.0000 0.0000 0.0000 hm18r 0 63 88 14849 0 3 6 0.0000 0.0000 0.9958 0.0000 -0.0050 0.0000 0.0000 0.0000 hm19r 0 32 87 2381 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9867 0.0000 -0.0216 0.0000 0.0000 0.0000 hm20r 0 557 1306 68137 0 46 74 0.0000 0.0000 0.9919 0.0000 -0.0123 0.0000 0.0000 0.0000 hm21r 33 62 60 4845 3 4 4 0.3548 0.3474 0.9874 0.2129 0.3387 0.4286 0.4286 0.2727 hm22r 0 51 106 2843 0 3 5 0.0000 0.0000 0.9824 0.0000 -0.0252 0.0000 0.0000 0.0000 hm23r 6 18 137 1839 0 3 4 0.0420 0.2500 0.9903 0.0373 0.0763 0.0000 0.0000 0.0000 hm24r 0 96 92 3812 0 9 8 0.0000 0.0000 0.9754 0.0000 -0.0241 0.0000 0.0000 0.0000 hm25r 1 39 69 891 0 1 5 0.0143 0.0250 0.9581 0.0092 -0.0360 0.0000 0.0000 0.0000 hm26r 16 206 231 8547 1 13 9 0.0648 0.0721 0.9765 0.0353 0.0434 0.1000 0.0714 0.0435 mus01r 0 64 85 1351 0 4 6 0.0000 0.0000 0.9548 0.0000 -0.0517 0.0000 0.0000 0.0000 mus02r 0 69 232 8699 0 3 12 0.0000 0.0000 0.9921 0.0000 -0.0143 0.0000 0.0000 0.0000 mus03r 0 45 142 2313 0 5 9 0.0000 0.0000 0.9809 0.0000 -0.0332 0.0000 0.0000 0.0000 mus04r 0 68 264 6668 0 7 13 0.0000 0.0000 0.9899 0.0000 -0.0196 0.0000 0.0000 0.0000 mus05r 0 48 88 1864 0 4 6 0.0000 0.0000 0.9749 0.0000 -0.0336 0.0000 0.0000 0.0000 mus06r 0 28 67 1405 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9805 0.0000 -0.0298 0.0000 0.0000 0.0000 mus07r 0 34 100 5866 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9942 0.0000 -0.0098 0.0000 0.0000 0.0000 mus08r 0 221 41 4238 0 6 3 0.0000 0.0000 0.9504 0.0000 -0.0218 0.0000 0.0000 0.0000 mus09r 0 22 41 937 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9771 0.0000 -0.0310 0.0000 0.0000 0.0000 mus10r 85 341 138 12436 8 34 5 0.3812 0.1995 0.9733 0.1507 0.2585 0.6154 0.1905 0.1702 mus11r 8 359 203 5430 1 27 13 0.0379 0.0218 0.9380 0.0140 -0.0185 0.0714 0.0357 0.0244 mus12r 14 58 131 1297 1 5 5 0.0966 0.1944 0.9572 0.0690 0.0743 0.1667 0.1667 0.0909 yst01r 0 99 122 8779 0 9 7 0.0000 0.0000 0.9888 0.0000 -0.0124 0.0000 0.0000 0.0000 yst02r 84 28 24 1864 5 1 0 0.7778 0.7500 0.9852 0.6176 0.7500 1.0000 0.8333 0.8333 yst03r 0 90 147 3763 0 5 18 0.0000 0.0000 0.9766 0.0000 -0.0296 0.0000 0.0000 0.0000 yst04r 20 65 111 6804 2 4 5 0.1527 0.2353 0.9905 0.1020 0.1772 0.2857 0.3333 0.1818 yst05r 40 2 32 1426 3 0 0 0.5556 0.9524 0.9986 0.5405 0.7181 1.0000 1.0000 1.0000 yst06r 0 26 160 3314 0 2 7 0.0000 0.0000 0.9922 0.0000 -0.0189 0.0000 0.0000 0.0000 yst08r 96 75 183 10646 8 8 5 0.3441 0.5614 0.9930 0.2712 0.4284 0.6154 0.5000 0.3810 yst09r 77 55 138 15730 9 8 4 0.3581 0.5833 0.9965 0.2852 0.4514 0.6923 0.5294 0.4286 Fly 15 409 656 31420 1 26 48 0.0224 0.0354 0.9872 0.0139 0.0119 0.0204 0.0370 0.0133 Human 209 2926 4910 278955 20 186 273 0.0408 0.0667 0.9896 0.0260 0.0388 0.0683 0.0971 0.0418 Mouse 107 1357 1532 52504 10 101 82 0.0653 0.0731 0.9748 0.0357 0.0423 0.1087 0.0901 0.0518 Yeast 317 440 917 52326 27 37 46 0.2569 0.4188 0.9917 0.1894 0.3159 0.3699 0.4219 0.2455 Total 648 5132 8015 415205 58 350 449 0.0748 0.1121 0.9878 0.0470 0.0764 0.1144 0.1422 0.0677