Table S3: Accuracy of the top motif from PosMotif1 on samples that contain at least three genes in the SCPD database Data set nTP nFP nFN nTN sTP sFP sFN nSn nPPV nSp nPC nCC sSn sPPV sPC abf1_baf1 54 42 262 19642 5 3 15 0.1709 0.5625 0.9979 0.1508 0.3045 0.2500 0.6250 0.2174 bas1_pho2 0 96 178 5726 0 6 8 0.0000 0.0000 0.9835 0.0000 -0.0223 0.0000 0.0000 0.0000 car1 36 4 85 12875 5 0 8 0.2975 0.9000 0.9997 0.2880 0.5153 0.3846 1.0000 0.3846 cpf1 0 21 23 2956 0 3 3 0.0000 0.0000 0.9929 0.0000 -0.0074 0.0000 0.0000 0.0000 csre 0 75 61 3864 0 5 4 0.0000 0.0000 0.9810 0.0000 -0.0172 0.0000 0.0000 0.0000 gal4 84 1 193 5722 5 0 7 0.3032 0.9882 0.9998 0.3022 0.5382 0.4167 1.0000 0.4167 gata 30 26 72 4872 4 3 12 0.2941 0.5357 0.9947 0.2344 0.3880 0.2500 0.5714 0.2105 gcn4 0 54 190 8756 0 6 25 0.0000 0.0000 0.9939 0.0000 -0.0114 0.0000 0.0000 0.0000 gcr1 8 32 124 5836 1 3 8 0.0606 0.2000 0.9945 0.0488 0.0994 0.1111 0.2500 0.0833 gln3 0 72 32 2896 0 6 3 0.0000 0.0000 0.9757 0.0000 -0.0163 0.0000 0.0000 0.0000 hap1 33 11 78 4878 3 1 2 0.2973 0.7500 0.9978 0.2705 0.4654 0.6000 0.7500 0.5000 hap2_hap3_hap4 0 28 50 3922 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9929 0.0000 -0.0094 0.0000 0.0000 0.0000 hse_hstf 32 16 117 5835 3 2 5 0.2148 0.6667 0.9973 0.1939 0.3704 0.3750 0.6000 0.3000 matalpha1 19 19 59 2903 1 1 2 0.2436 0.5000 0.9935 0.1959 0.3374 0.3333 0.5000 0.2500 matalpha2 44 25 109 6822 3 0 7 0.2876 0.6377 0.9963 0.2472 0.4202 0.3000 1.0000 0.3000 mcb 48 6 24 5922 8 1 4 0.6667 0.8889 0.9990 0.6154 0.7675 0.6667 0.8889 0.6154 mcm1 189 45 416 24350 14 3 21 0.3124 0.8077 0.9982 0.2908 0.4956 0.4000 0.8235 0.3684 mig1 5 95 120 8780 1 9 9 0.0400 0.0500 0.9893 0.0227 0.0327 0.1000 0.1000 0.0526 pdr3 42 8 112 6838 5 0 12 0.2727 0.8400 0.9988 0.2593 0.4730 0.2941 1.0000 0.2941 pho2 0 42 72 2886 0 2 3 0.0000 0.0000 0.9857 0.0000 -0.0187 0.0000 0.0000 0.0000 pho4 9 27 189 3775 1 3 9 0.0455 0.2500 0.9929 0.0400 0.0881 0.1000 0.2500 0.0769 rap1_ebf1 54 63 261 15622 6 7 13 0.1714 0.4615 0.9960 0.1429 0.2730 0.3158 0.4615 0.2308 reb1 42 14 153 13791 6 2 13 0.2154 0.7500 0.9990 0.2010 0.3980 0.3158 0.7500 0.2857 rox1 33 75 63 2829 3 3 5 0.3438 0.3056 0.9742 0.1930 0.3004 0.3750 0.5000 0.2727 rp-a 0 24 35 2941 0 4 3 0.0000 0.0000 0.9919 0.0000 -0.0098 0.0000 0.0000 0.0000 scb 36 27 29 2908 5 2 3 0.5538 0.5714 0.9908 0.3913 0.5530 0.6250 0.7143 0.5000 sff 0 66 40 2894 0 6 4 0.0000 0.0000 0.9777 0.0000 -0.0174 0.0000 0.0000 0.0000 ste12_pre 15 25 47 3913 2 3 5 0.2419 0.3750 0.9937 0.1724 0.2925 0.2857 0.4000 0.2000 taf 0 48 74 3878 0 4 4 0.0000 0.0000 0.9878 0.0000 -0.0151 0.0000 0.0000 0.0000 tata_tbp 0 48 159 16793 0 4 20 0.0000 0.0000 0.9971 0.0000 -0.0052 0.0000 0.0000 0.0000 uascar 11 23 33 2933 1 1 3 0.2500 0.3235 0.9922 0.1642 0.2751 0.2500 0.5000 0.2000 uash 0 70 300 17630 0 7 20 0.0000 0.0000 0.9960 0.0000 -0.0081 0.0000 0.0000 0.0000 uasphr 0 136 275 16589 0 17 23 0.0000 0.0000 0.9919 0.0000 -0.0115 0.0000 0.0000 0.0000 uis 0 60 65 2875 0 3 5 0.0000 0.0000 0.9796 0.0000 -0.0213 0.0000 0.0000 0.0000 urs1h 56 16 113 12815 7 2 6 0.3314 0.7778 0.9988 0.3027 0.5039 0.5385 0.7778 0.4667 Total 880 1440 4213 268467 89 124 298 0.1728 0.3793 0.9947 0.1347 0.2468 0.2300 0.4178 0.1742