Table S4: Accuracy of the top motif from PosMotif2 on samples that contain at least three genes in the SCPD database Data set nTP nFP nFN nTN sTP sFP sFN nSn nPPV nSp nPC nCC sSn sPPV sPC abf1_baf1 184 299 132 19385 15 24 5 0.5823 0.3810 0.9848 0.2992 0.4606 0.7500 0.3846 0.3409 bas1_pho2 0 96 178 5726 0 6 8 0.0000 0.0000 0.9835 0.0000 -0.0223 0.0000 0.0000 0.0000 car1 70 45 51 12834 9 6 4 0.5785 0.6087 0.9965 0.4217 0.5897 0.6923 0.6000 0.4737 cpf1 0 21 23 2956 0 3 3 0.0000 0.0000 0.9929 0.0000 -0.0074 0.0000 0.0000 0.0000 csre 0 75 61 3864 0 5 4 0.0000 0.0000 0.9810 0.0000 -0.0172 0.0000 0.0000 0.0000 gal4 243 168 34 5555 11 7 0 0.8773 0.5912 0.9706 0.5461 0.7044 1.0000 0.6111 0.6111 gata 30 46 72 4852 4 4 12 0.2941 0.3947 0.9906 0.2027 0.3290 0.2500 0.5000 0.2000 gcn4 0 111 190 8699 0 13 25 0.0000 0.0000 0.9874 0.0000 -0.0164 0.0000 0.0000 0.0000 gcr1 8 32 124 5836 1 3 8 0.0606 0.2000 0.9945 0.0488 0.0994 0.1111 0.2500 0.0833 gln3 0 72 32 2896 0 6 3 0.0000 0.0000 0.9757 0.0000 -0.0163 0.0000 0.0000 0.0000 hap1 33 22 78 4867 3 2 2 0.2973 0.6000 0.9955 0.2481 0.4136 0.6000 0.6000 0.4286 hap2_hap3_hap4 0 32 50 3918 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9919 0.0000 -0.0101 0.0000 0.0000 0.0000 hse_hstf 32 24 117 5827 3 3 5 0.2148 0.5714 0.9959 0.1850 0.3409 0.3750 0.5000 0.2727 matalpha1 20 24 58 2898 1 1 2 0.2564 0.4545 0.9918 0.1961 0.3286 0.3333 0.5000 0.2500 matalpha2 52 38 101 6809 4 0 5 0.3399 0.5778 0.9945 0.2723 0.4339 0.4444 1.0000 0.4444 mcb 63 34 9 5894 11 4 1 0.8750 0.6495 0.9943 0.5943 0.7505 0.9167 0.7333 0.6875 mcm1 449 416 156 23979 29 26 6 0.7421 0.5191 0.9829 0.4398 0.6097 0.8286 0.5273 0.4754 mig1 5 95 120 8780 1 9 9 0.0400 0.0500 0.9893 0.0227 0.0327 0.1000 0.1000 0.0526 pdr3 111 32 43 6814 13 1 4 0.7208 0.7762 0.9953 0.5968 0.7425 0.7647 0.9286 0.7222 pho2 0 42 72 2886 0 2 3 0.0000 0.0000 0.9857 0.0000 -0.0187 0.0000 0.0000 0.0000 pho4 9 27 189 3775 1 3 9 0.0455 0.2500 0.9929 0.0400 0.0881 0.1000 0.2500 0.0769 rap1_ebf1 121 129 194 15556 12 13 7 0.3841 0.4840 0.9918 0.2725 0.4211 0.6316 0.4800 0.3750 reb1 81 95 114 13710 11 14 8 0.4154 0.4602 0.9931 0.2793 0.4297 0.5789 0.4400 0.3333 rox1 33 75 63 2829 3 3 5 0.3438 0.3056 0.9742 0.1930 0.3004 0.3750 0.5000 0.2727 rp-a 0 24 35 2941 0 4 3 0.0000 0.0000 0.9919 0.0000 -0.0098 0.0000 0.0000 0.0000 scb 58 100 7 2835 8 8 0 0.8923 0.3671 0.9659 0.3515 0.5594 1.0000 0.5000 0.5000 sff 0 89 40 2871 0 7 4 0.0000 0.0000 0.9699 0.0000 -0.0203 0.0000 0.0000 0.0000 ste12_pre 29 30 33 3908 4 3 3 0.4677 0.4915 0.9924 0.3152 0.4715 0.5714 0.5714 0.4000 taf 0 81 74 3845 0 6 4 0.0000 0.0000 0.9794 0.0000 -0.0197 0.0000 0.0000 0.0000 tata_tbp 0 48 159 16793 0 4 20 0.0000 0.0000 0.9971 0.0000 -0.0052 0.0000 0.0000 0.0000 uascar 11 23 33 2933 1 1 3 0.2500 0.3235 0.9922 0.1642 0.2751 0.2500 0.5000 0.2000 uash 0 217 300 17483 0 20 20 0.0000 0.0000 0.9877 0.0000 -0.0144 0.0000 0.0000 0.0000 uasphr 0 136 275 16589 0 17 23 0.0000 0.0000 0.9919 0.0000 -0.0115 0.0000 0.0000 0.0000 uis 0 60 65 2875 0 3 5 0.0000 0.0000 0.9796 0.0000 -0.0213 0.0000 0.0000 0.0000 urs1h 149 125 20 12706 13 13 0 0.8817 0.5438 0.9903 0.5068 0.6876 1.0000 0.5000 0.5000 Total 1791 2983 3302 266924 158 246 227 0.3517 0.3752 0.9889 0.2218 0.3516 0.4104 0.3911 0.2504