Table S5: Accuracy of the top motif from PosMotif1 on samples from the ABS database Data set nTP nFP nFN nTN sTP sFP sFN nSn nPPV nSp nPC nCC sSN sPPV sPC aml 0 54 50 2899 0 2 6 0.0000 0.0000 0.9817 0.0000 -0.0176 0.0000 0.0000 0.0000 ap1 14 58 58 3873 2 2 6 0.1944 0.1944 0.9852 0.1077 0.1797 0.2500 0.5000 0.2000 ap2 0 68 40 1894 0 4 4 0.0000 0.0000 0.9653 0.0000 -0.0268 0.0000 0.0000 0.0000 ap2a 0 63 38 1901 0 3 4 0.0000 0.0000 0.9679 0.0000 -0.0251 0.0000 0.0000 0.0000 caat 0 162 90 6253 0 9 13 0.0000 0.0000 0.9747 0.0000 -0.0189 0.0000 0.0000 0.0000 cebp 0 72 625 13824 0 4 37 0.0000 0.0000 0.9948 0.0000 -0.0150 0.0000 0.0000 0.0000 cets 0 48 66 1890 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9752 0.0000 -0.0289 0.0000 0.0000 0.0000 cjun 11 53 58 1887 2 2 4 0.1594 0.1719 0.9727 0.0902 0.1370 0.3333 0.5000 0.2500 cmyc 12 44 24 919 2 2 4 0.3333 0.2143 0.9543 0.1500 0.2331 0.3333 0.5000 0.2500 coup 0 44 55 903 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9535 0.0000 -0.0516 0.0000 0.0000 0.0000 creb 31 59 191 8234 5 0 14 0.1396 0.3444 0.9929 0.1103 0.2065 0.2632 1.0000 0.2632 cutl 0 54 32 914 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9442 0.0000 -0.0434 0.0000 0.0000 0.0000 e2 0 50 12 939 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9494 0.0000 -0.0253 0.0000 0.0000 0.0000 e2f 0 34 21 946 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9653 0.0000 -0.0274 0.0000 0.0000 0.0000 e2f1 1 97 171 5735 0 7 16 0.0058 0.0102 0.9834 0.0037 -0.0142 0.0000 0.0000 0.0000 e47 38 28 58 877 2 0 2 0.3958 0.5758 0.9691 0.3065 0.4330 0.5000 1.0000 0.5000 egr1 0 68 204 3731 0 4 10 0.0000 0.0000 0.9821 0.0000 -0.0305 0.0000 0.0000 0.0000 ets1 0 60 30 1912 0 4 4 0.0000 0.0000 0.9696 0.0000 -0.0217 0.0000 0.0000 0.0000 fxr 0 76 85 1843 0 4 4 0.0000 0.0000 0.9604 0.0000 -0.0418 0.0000 0.0000 0.0000 gata3 36 30 41 1903 2 0 2 0.4675 0.5455 0.9845 0.3364 0.4868 0.5000 1.0000 0.5000 gata6 0 72 24 906 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9264 0.0000 -0.0436 0.0000 0.0000 0.0000 gc 0 44 39 1921 0 2 6 0.0000 0.0000 0.9776 0.0000 -0.0211 0.0000 0.0000 0.0000 gr 0 99 75 1327 0 3 3 0.0000 0.0000 0.9306 0.0000 -0.0609 0.0000 0.0000 0.0000 hif1 0 52 76 874 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9438 0.0000 -0.0670 0.0000 0.0000 0.0000 hltf 41 11 16 934 2 0 0 0.7193 0.7885 0.9884 0.6029 0.7389 1.0000 1.0000 1.0000 hmgi 66 6 37 892 4 0 0 0.6408 0.9167 0.9933 0.6055 0.7457 1.0000 1.0000 1.0000 hnf1 75 51 411 10479 9 5 18 0.1543 0.5952 0.9952 0.1397 0.2887 0.3333 0.6429 0.2812 hnf3 44 20 24 1913 4 0 2 0.6471 0.6875 0.9897 0.5000 0.6556 0.6667 1.0000 0.6667 hnf3b 0 40 100 1864 0 2 12 0.0000 0.0000 0.9790 0.0000 -0.0327 0.0000 0.0000 0.0000 hnf4 26 50 92 3839 2 2 6 0.2203 0.3421 0.9871 0.1548 0.2571 0.2500 0.5000 0.2000 hnf6 0 76 112 1814 0 4 4 0.0000 0.0000 0.9598 0.0000 -0.0484 0.0000 0.0000 0.0000 hox 0 54 62 884 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9424 0.0000 -0.0614 0.0000 0.0000 0.0000 hp1 39 60 0 1402 3 0 0 1.0000 0.3939 0.9590 0.3939 0.6146 1.0000 1.0000 1.0000 hsf1 72 0 28 900 4 0 0 0.7200 1.0000 1.0000 0.7200 0.8356 1.0000 1.0000 1.0000 ipf1 12 26 0 963 2 0 0 1.0000 0.3158 0.9737 0.3158 0.5545 1.0000 1.0000 1.0000 irf 18 66 38 878 2 2 0 0.3214 0.2143 0.9301 0.1475 0.2085 1.0000 0.5000 0.5000 m1 28 40 0 933 2 2 0 1.0000 0.4118 0.9589 0.4118 0.6284 1.0000 0.5000 0.5000 maz 0 44 30 926 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9546 0.0000 -0.0377 0.0000 0.0000 0.0000 mef2 0 112 177 8222 0 4 17 0.0000 0.0000 0.9866 0.0000 -0.0168 0.0000 0.0000 0.0000 mef3 0 36 42 924 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9625 0.0000 -0.0404 0.0000 0.0000 0.0000 mitf 0 44 105 853 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9509 0.0000 -0.0733 0.0000 0.0000 0.0000 mtf1 0 64 70 867 0 2 10 0.0000 0.0000 0.9313 0.0000 -0.0717 0.0000 0.0000 0.0000 myb 0 64 24 913 0 4 4 0.0000 0.0000 0.9345 0.0000 -0.0410 0.0000 0.0000 0.0000 myf 0 184 42 1777 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9062 0.0000 -0.0465 0.0000 0.0000 0.0000 myod 24 88 102 8294 4 0 17 0.1905 0.2143 0.9895 0.1121 0.1907 0.1905 1.0000 0.1905 mzf1 0 56 52 893 0 4 2 0.0000 0.0000 0.9410 0.0000 -0.0570 0.0000 0.0000 0.0000 nf1 25 29 89 2862 2 0 4 0.2193 0.4630 0.9900 0.1748 0.3010 0.3333 1.0000 0.3333 nfat 8 58 490 4457 2 4 20 0.0161 0.1212 0.9872 0.0144 0.0084 0.0909 0.3333 0.0769 nfkb 0 78 145 2782 0 6 8 0.0000 0.0000 0.9727 0.0000 -0.0368 0.0000 0.0000 0.0000 nfy 4 54 45 1901 2 0 2 0.0816 0.0690 0.9724 0.0388 0.0498 0.5000 1.0000 0.5000 nkx2 0 75 91 2337 0 5 7 0.0000 0.0000 0.9689 0.0000 -0.0341 0.0000 0.0000 0.0000 nrl 0 54 62 1384 0 3 3 0.0000 0.0000 0.9624 0.0000 -0.0401 0.0000 0.0000 0.0000 oct 12 44 10 935 2 0 0 0.5455 0.2143 0.9551 0.1818 0.3193 1.0000 1.0000 1.0000 olf1 0 60 22 918 0 4 2 0.0000 0.0000 0.9387 0.0000 -0.0379 0.0000 0.0000 0.0000 p53 20 36 20 926 2 0 2 0.5000 0.3571 0.9626 0.2632 0.3942 0.5000 1.0000 0.5000 pou1f1 9 63 165 1766 1 3 9 0.0517 0.1250 0.9656 0.0380 0.0261 0.1000 0.2500 0.0769 pou2f1 27 57 16 902 2 2 0 0.6279 0.3214 0.9406 0.2700 0.4157 1.0000 0.5000 0.5000 rar 0 76 74 1854 0 4 4 0.0000 0.0000 0.9606 0.0000 -0.0389 0.0000 0.0000 0.0000 rfx1 0 34 42 925 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9645 0.0000 -0.0392 0.0000 0.0000 0.0000 rxr 0 68 39 894 0 4 2 0.0000 0.0000 0.9293 0.0000 -0.0544 0.0000 0.0000 0.0000 smad 0 68 44 890 0 4 3 0.0000 0.0000 0.9290 0.0000 -0.0578 0.0000 0.0000 0.0000 sp1 120 106 1122 26182 13 11 70 0.0966 0.5310 0.9960 0.0890 0.2130 0.1566 0.5417 0.1383 srf 36 55 408 9513 4 3 32 0.0811 0.3956 0.9943 0.0721 0.1634 0.1111 0.5714 0.1026 stat3 0 64 32 906 0 4 2 0.0000 0.0000 0.9340 0.0000 -0.0474 0.0000 0.0000 0.0000 tbp 334 56 321 46859 56 9 39 0.5099 0.8564 0.9988 0.4698 0.6574 0.5895 0.8615 0.5385 tef1 0 126 102 3276 0 7 7 0.0000 0.0000 0.9630 0.0000 -0.0334 0.0000 0.0000 0.0000 usf 0 81 124 4299 0 3 9 0.0000 0.0000 0.9815 0.0000 -0.0228 0.0000 0.0000 0.0000 vdr 30 30 111 1833 2 0 4 0.2128 0.5000 0.9839 0.1754 0.2951 0.3333 1.0000 0.3333 Total 1213 4053 7301 238270 141 185 494 0.1425 0.2303 0.9833 0.0965 0.1588 0.2220 0.4325 0.1720