Table S6: Accuracy of the top motif from PosMotif2 on samples from the ABS database Data set nTP nFP nFN nTN sTP sFP sFN nSn nPPV nSp nPC nCC sSn sPPV sPC aml 0 54 50 2899 0 2 6 0.0000 0.0000 0.9817 0.0000 -0.0176 0.0000 0.0000 0.0000 ap1 14 58 58 3873 2 2 6 0.1944 0.1944 0.9852 0.1077 0.1797 0.2500 0.5000 0.2000 ap2 16 115 24 1847 2 5 2 0.4000 0.1221 0.9414 0.1032 0.1932 0.5000 0.2857 0.2222 ap2a 0 63 38 1901 0 3 4 0.0000 0.0000 0.9679 0.0000 -0.0251 0.0000 0.0000 0.0000 caat 0 358 90 6057 0 19 13 0.0000 0.0000 0.9442 0.0000 -0.0286 0.0000 0.0000 0.0000 cebp 0 72 625 13824 0 4 37 0.0000 0.0000 0.9948 0.0000 -0.0150 0.0000 0.0000 0.0000 cets 0 48 66 1890 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9752 0.0000 -0.0289 0.0000 0.0000 0.0000 cjun 11 69 58 1871 2 3 4 0.1594 0.1375 0.9644 0.0797 0.1154 0.3333 0.4000 0.2222 cmyc 24 84 12 879 4 3 2 0.6667 0.2222 0.9128 0.2000 0.3478 0.6667 0.5714 0.4444 coup 0 44 55 903 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9535 0.0000 -0.0516 0.0000 0.0000 0.0000 creb 31 59 191 8234 5 0 14 0.1396 0.3444 0.9929 0.1103 0.2065 0.2632 1.0000 0.2632 cutl 0 196 32 772 0 4 2 0.0000 0.0000 0.7975 0.0000 -0.0898 0.0000 0.0000 0.0000 e2 0 50 12 939 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9494 0.0000 -0.0253 0.0000 0.0000 0.0000 e2f 0 34 21 946 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9653 0.0000 -0.0274 0.0000 0.0000 0.0000 e2f1 1 165 171 5667 0 11 16 0.0058 0.0060 0.9717 0.0030 -0.0229 0.0000 0.0000 0.0000 e47 38 28 58 877 2 0 2 0.3958 0.5758 0.9691 0.3065 0.4330 0.5000 1.0000 0.5000 egr1 0 76 204 3723 0 4 10 0.0000 0.0000 0.9800 0.0000 -0.0322 0.0000 0.0000 0.0000 ets1 0 60 30 1912 0 4 4 0.0000 0.0000 0.9696 0.0000 -0.0217 0.0000 0.0000 0.0000 fxr 0 76 85 1843 0 4 4 0.0000 0.0000 0.9604 0.0000 -0.0418 0.0000 0.0000 0.0000 gata3 36 30 41 1903 2 0 2 0.4675 0.5455 0.9845 0.3364 0.4868 0.5000 1.0000 0.5000 gata6 0 72 24 906 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9264 0.0000 -0.0436 0.0000 0.0000 0.0000 gc 0 44 39 1921 0 2 6 0.0000 0.0000 0.9776 0.0000 -0.0211 0.0000 0.0000 0.0000 gr 0 99 75 1327 0 3 3 0.0000 0.0000 0.9306 0.0000 -0.0609 0.0000 0.0000 0.0000 hif1 0 52 76 874 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9438 0.0000 -0.0670 0.0000 0.0000 0.0000 hltf 41 11 16 934 2 0 0 0.7193 0.7885 0.9884 0.6029 0.7389 1.0000 1.0000 1.0000 hmgi 66 6 37 892 4 0 0 0.6408 0.9167 0.9933 0.6055 0.7457 1.0000 1.0000 1.0000 hnf1 133 186 353 10344 14 18 13 0.2737 0.4169 0.9823 0.1979 0.3135 0.5185 0.4375 0.3111 hnf3 44 74 24 1859 4 2 2 0.6471 0.3729 0.9617 0.3099 0.4682 0.6667 0.6667 0.5000 hnf3b 28 166 72 1738 2 0 8 0.2800 0.1443 0.9128 0.1053 0.1420 0.2000 1.0000 0.2000 hnf4 26 50 92 3839 2 2 6 0.2203 0.3421 0.9871 0.1548 0.2571 0.2500 0.5000 0.2000 hnf6 0 96 112 1794 0 4 4 0.0000 0.0000 0.9492 0.0000 -0.0546 0.0000 0.0000 0.0000 hox 0 196 62 742 0 4 4 0.0000 0.0000 0.7910 0.0000 -0.1269 0.0000 0.0000 0.0000 hp1 39 60 0 1402 3 0 0 1.0000 0.3939 0.9590 0.3939 0.6146 1.0000 1.0000 1.0000 hsf1 78 32 22 868 4 1 0 0.7800 0.7091 0.9644 0.5909 0.7138 1.0000 0.8000 0.8000 ipf1 12 26 0 963 2 0 0 1.0000 0.3158 0.9737 0.3158 0.5545 1.0000 1.0000 1.0000 irf 18 66 38 878 2 2 0 0.3214 0.2143 0.9301 0.1475 0.2085 1.0000 0.5000 0.5000 m1 28 48 0 925 2 2 0 1.0000 0.3684 0.9507 0.3684 0.5918 1.0000 0.5000 0.5000 maz 0 44 30 926 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9546 0.0000 -0.0377 0.0000 0.0000 0.0000 mef2 0 112 177 8222 0 4 17 0.0000 0.0000 0.9866 0.0000 -0.0168 0.0000 0.0000 0.0000 mef3 0 40 42 920 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9583 0.0000 -0.0427 0.0000 0.0000 0.0000 mitf 0 44 105 853 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9509 0.0000 -0.0733 0.0000 0.0000 0.0000 mtf1 0 64 70 867 0 2 10 0.0000 0.0000 0.9313 0.0000 -0.0717 0.0000 0.0000 0.0000 myb 0 84 24 893 0 5 4 0.0000 0.0000 0.9140 0.0000 -0.0474 0.0000 0.0000 0.0000 myf 0 184 42 1777 0 2 4 0.0000 0.0000 0.9062 0.0000 -0.0465 0.0000 0.0000 0.0000 myod 24 88 102 8294 4 0 17 0.1905 0.2143 0.9895 0.1121 0.1907 0.1905 1.0000 0.1905 mzf1 0 110 52 839 0 4 2 0.0000 0.0000 0.8841 0.0000 -0.0822 0.0000 0.0000 0.0000 nf1 25 29 89 2862 2 0 4 0.2193 0.4630 0.9900 0.1748 0.3010 0.3333 1.0000 0.3333 nfat 60 98 438 4417 5 6 17 0.1205 0.3797 0.9783 0.1007 0.1691 0.2273 0.4545 0.1786 nfkb 26 154 119 2706 2 10 6 0.1793 0.1444 0.9462 0.0870 0.1133 0.2500 0.1667 0.1111 nfy 4 54 45 1901 2 0 2 0.0816 0.0690 0.9724 0.0388 0.0498 0.5000 1.0000 0.5000 nkx2 0 83 91 2329 0 5 7 0.0000 0.0000 0.9656 0.0000 -0.0360 0.0000 0.0000 0.0000 nrl 0 54 62 1384 0 3 3 0.0000 0.0000 0.9624 0.0000 -0.0401 0.0000 0.0000 0.0000 oct 12 44 10 935 2 0 0 0.5455 0.2143 0.9551 0.1818 0.3193 1.0000 1.0000 1.0000 olf1 0 80 22 898 0 4 2 0.0000 0.0000 0.9182 0.0000 -0.0442 0.0000 0.0000 0.0000 p53 20 36 20 926 2 0 2 0.5000 0.3571 0.9626 0.2632 0.3942 0.5000 1.0000 0.5000 pou1f1 9 103 165 1726 1 4 9 0.0517 0.0804 0.9437 0.0325 -0.0056 0.1000 0.2000 0.0714 pou2f1 27 57 16 902 2 2 0 0.6279 0.3214 0.9406 0.2700 0.4157 1.0000 0.5000 0.5000 rar 0 96 74 1834 0 4 4 0.0000 0.0000 0.9503 0.0000 -0.0439 0.0000 0.0000 0.0000 rfx1 0 38 42 921 0 2 2 0.0000 0.0000 0.9604 0.0000 -0.0416 0.0000 0.0000 0.0000 rxr 0 68 39 894 0 4 2 0.0000 0.0000 0.9293 0.0000 -0.0544 0.0000 0.0000 0.0000 smad 0 91 44 867 0 5 3 0.0000 0.0000 0.9050 0.0000 -0.0677 0.0000 0.0000 0.0000 sp1 293 428 949 25860 28 35 55 0.2359 0.4064 0.9837 0.1754 0.2854 0.3373 0.4444 0.2373 srf 49 68 395 9500 5 4 31 0.1104 0.4188 0.9929 0.0957 0.1978 0.1389 0.5556 0.1250 stat3 0 134 32 836 0 8 2 0.0000 0.0000 0.8619 0.0000 -0.0714 0.0000 0.0000 0.0000 tbp 462 397 193 46518 77 57 18 0.7053 0.5378 0.9915 0.4392 0.6099 0.8105 0.5746 0.5066 tef1 0 223 102 3179 0 10 7 0.0000 0.0000 0.9345 0.0000 -0.0451 0.0000 0.0000 0.0000 usf 0 81 124 4299 0 3 9 0.0000 0.0000 0.9815 0.0000 -0.0228 0.0000 0.0000 0.0000 vdr 30 30 111 1833 2 0 4 0.2128 0.5000 0.9839 0.1754 0.2951 0.3333 1.0000 0.3333 Total 1725 6239 6789 236084 194 309 439 0.2026 0.2166 0.9743 0.1169 0.1827 0.3065 0.3857 0.2059